Su carrera en las motos comenzó en 1996 en el Campeonato de España de minimotos. Ese año quedó segundo en el campeonato, al año siguiente quedó tercero y por fin en 1998 logró ganar el campeonato. Pese a sus buenos resultados en aquella época, Dani empezó a plantearse dejar las motos y empezar a competir en mountain bike debido a la falta de recursos.
En 1999 Pedrosa se presenta a las pruebas de selección de la Movistar Activa Cup. Sólo podían entrar a formar parte del equipo de Alberto Puig los tres primeros, pero gracias a la confianza de éste, Dani fue elegido para correr en el Campeonato de España. Corrió el campeonato quedando en la cuarta posición detrás de Olivé, Jara y Piñeiro. Al año siguiente, Pedrosa es elegido, junto a Joan Olivé y Raúl Jara, para formar parte del equipo de Alberto Puig para el Campeonato de España. En 2000 corrió quedando 4º.
